O pacote coronabr [R]

Diversas iniciativas têm facilitado o acesso a dados relativos aos casos de COVID-19 ao redor do mundo. Eu mesmo fiz um post aqui no blog ensinando a usar a API covid19api (você pode acessar clicando aqui), que permite acessar dados relativos aos casos, mortes e recuperados por país. Outras iniciativas interessantes têm organizado os dados em maior granularidade, permitindo visualizar a situação por estados com foco no Brasil, como é o caso da iniciativa do Brasil.io.

Recentemente um grupo de pesquisadores desenvolveu o pacote coronabr que simplesmente centraliza diversos dos recursos que comentei. O pacote permite de forma simples e prática buscar dados de diversas fontes, baixar esses dados atualizados diretamente para sua seção do R já formatados como data.frame e prontos para sua análise. Além disso, essa ferramenta fornece visualizações gráficas com mapas e tendências, e já se encontra disponível para download e utilização no GitHub =)

Os pesquisadores responsáveis pelo pacote são: Sara Mortara, Andrea Sánchez-Tapia e Karlo Guidoni Martins, clicando aqui você pode saber um pouco mais sobre eles.

Nas próximas seções vamos instalar o pacote coronabr, testar as principais funções e gerar algumas visualizações.

Instalando coronabr e baixando dados

O pacote está disponível no GitHub, isso significa que precisamos instalar via o pacote remotes. Caso você já tenha o pacote remotes pode pular essa etapa. No código abaixo instalamos o remotes e na sequência o coronabr:

install.packages('remotes') # remotes

remotes::install_github("liibre/coronabr") # coronabr

No momento da instalação talvez seja requerido a atualização dos pacotes que são dependências para o coronabr, sugiro selecionar a opção CRAN packages only.

Após a instalação vamos carregar o pacote e baixar os dados do Brasil por estado.

library(coronabr) # carregando pacote

dados <- get_corona_br(by_uf = TRUE) # baixando dados
View(dados) # vizualizando dados

Usando a função View() podemos ver que os dados já estão organizados em data.frame contendo diversas informações interessantes, como por exemplo a taxa de mortalidade por região.

Temos outras funções que baixam dados de diferentes fontes, segundo o site do projeto essas são as possibilidades:

get_corona_minsaude(): Extrai dados de COVID-19 para o Brasil da página do Ministério da Saúde

get_corona_br(): Extrai dados de coronavírus para o Brasil de Brasil.io

format_corona_br(): Preenche as datas vazias nos dados de COVID-19 do Brasil.io

get_corona_jhu(): Extrai dados mundiais de coronavírus

Clicando nas funções acima você será direcionado para o site oficial com o help completo da função, contendo a descrição dos argumentos.

Gráficos e mapas com o pacote coronabr

Agora com nossos dados já baixados vamos gerar alguns gráficos de forma bem simples. O primeiro é o histórico de todos os estados, para isso usamos as funções:

dados <- format_corona_br(dados)
plot_uf(dados)

Você pode customizar bastante o gráfico, selecionando o tipo de dado por casos confirmados ou mortes, mostrar dados proporcionais a população, entre outras possibilidades.

Outro gráfico interessante é um mapa mostrando a dispersão dos casos pelo Brasil, com a possibilidade de gerar esse gráfico como uma animação:

map_corona_br(dados, anim = TRUE)

Também é possível gerar animações dos gráficos de tendências:

plot_uf(dados, anim = TRUE)

Infelizmente para esse último caso eu não consegui alterar a proporção do gráfico, prejudicando um pouco a visualização das datas. Vale ressaltar que o pacote está em constante desenvolvimento, provavelmente logo eles permitirão de forma simples alterar essa opção.

Lembrando que existem outras possibilidades de gráficos derivados das outras fontes de dados =)

Chegamos ao fim

O pacote coronabr é bem direto ao ponto e eficiente, facilitando o fluxo de buscar dados atualizados de diferentes fontes e permitir a geração de gráficos, mapas e animações. Vale lembrar que você pode usar o pacote para baixar os dados já em data.frame e criar modelos preditivos.

Parabéns aos criadores do coronabr, acredito que essa ferramenta será muito útil para pesquisadores brasileiros na busca de entender como combater esse problema =)

Não deixe de visitar o site oficial do pacote, lá você terá todas as informações: https://liibre.github.io/coronabr/index.html

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Se você tem interesse de aprender a instalar o R e os passos básicos para iniciar nesse mundo, sugiro o tutorial básico desenvolvido pelo pessoal do curso-r: http://material.curso-r.com/instalacao/

Até o próximo post, bons estudos em R :D

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